농식품부가 특별감사를 통해 사실관계를 확인하고 확인서를 징구한 65건(중앙회 43, 재단 22)에 대한 주요 감사사항은 다음과 같다.

❶ 내부통제 기구 구성 및 운영 부적정
농협중앙회 이사회는 임원 추천을 위한 인사추천위원회를 농업인 단체 및 학계로부터 추천받아 구성해야 하지만, 농협중앙회(인사총무팀)에서 일부 농업인 단체와 학계만을 대상으로 후보자를 추천받아 제한적·폐쇄적으로 구성·운영하고 있었고, 2024년 제15차 이사회에서는 특별성과보수를 1인 즉석 안건으로 상정·의결함으로써 지급사유·금액 등에 대한 면밀한 검토없이 부회장(전무이사), 집행간부 등 11명에게 총액 157백만원(14~16백만원)을 지급했다.

또한, 농협중앙회 조합감사위원회(회원조합 감사)는 인사가 독립돼 조합감사위원장에게 인사권이 있음에도, 농협중앙회는 부서별·직급별 정원을 정하지 않은 상태에서 조합감사위원장이 아닌 부회장(전무이사)에게 인사서열(승진·전보)을 보고하고 농협중앙회 인사부서가 승진 규모를 검토·조정함으로써 조합감사위원회의 인사독립을 훼손했다.

조합감사위원회는 회원조합에 대한 감사결과 징계에 해당하는 사항(문책사항)은 조합감사위원회 징계심의회를 통해 징계수위를 결정해야 하지만, 74건은 징계심의회에 부의하지 않았고 211건은 징계가 아닌 주의처분 하는 등 회원조합에 대한 감사 처분 조치에 소극적이었으며, 조합장에게 처분한 경징계 27건(견책) 중 최소 6건(성희롱, 업무상 배임 등)은 중징계에 해당하는 것으로 보이는 등 조합장 처분에 온정적이었다.

❷ 임직원에 대한 온정적·형식적 징계
농협중앙회는 임직원 범죄행위는 고발을 원칙으로 하되, 고발에서 제외할 경우에는 인사위원회에서 고발 여부를 심의해 결정하도록 하고 있으나, 2022년 이후 징계한 21건 중 범죄 혐의가 있는 6건은 고발 여부를 심의하기 위한 인사위원회를 개최하지도 고발하지도 않았다.

또한, 성희롱을 비롯한 비위행위에 대한 징계를 결정하는 인사위원회는 내부 직원(여성 미포함)으로만 편향적으로 구성했고, 농협중앙회(인사총무팀)에서 검토한 징계수위를 100% 그대로 반영하는 등 형식적인 운영에 그치고 있었다.
* 공기업·준정부기관은 성희롱, 성폭력 징계사건 처리를 위한 징계위원회 구성시, 위원장 제외 피해자와 같은 성별의 위원을 3분의 1 이상 포함하도록 하고 있음

❸ 자금 및 경비 집행·관리 부적정
농협중앙회에서 회원조합에 지원하는 무이자 자금 지원과 관련 2023년 대비 2024년 무이자 자금 지원액이 약 1조원 증가(12→13조원, 8%)했으나, 이사조합(조합장이 농협중앙회 이사로 재임 중인 회원조합) 등 특정조합에 집중 지원되고 있었다.
* 일반조합113.0억원→121.7, 8.7증(7.6%), 이사조합 143.2억원 → 181.0, 37.8증(26.3%)

또한, 농협중앙회장은 해외 출장시 숙박비는 $250를 상한선으로 하되 특별한 사유가 있을 경우 실비를 집행할 수 있으나, 특별한 사유를 명시하지 않은 채 숙박비 상한을 초과*해 집행하는 등 공금낭비 행태가 확인됐다.
* 現 농협중앙회장이 숙박비를 지불한 5차례의 해외출장 모두 숙박비 상한을 초과해 집행(1박당 50만원~186만원 초과 집행, 총 40백만원 초과 집행)

농협중앙회장의 업무추진비 사용내역은 ｢공공기관의 정보공개에 관한 법률｣에 따라 공개해야 하지만 사실상 중앙회장이 업무추진비를 집행하고 있음에도 단지 업무추진비 카드를 비서실에 배정한 것이지 중앙회장에게 직접 배정한 것이 아니라는 이유로 공개하지 않고 있었다. 

그 외에도 정보목록 공개, 온라인 정보공개시스템 구축 등 ｢공공기관의 정보공개에 관한 법률｣에 따라 지켜야 하는 의무를 준수하지 않고 있는 것으로 확인됐다.

또한, 비상임 이사·감사, 조합감사위원 등에 대해 정기적으로 지원하는 활동수당(월 3~4백만원) 외 특별한 활동을 한 경우 지급하는 특별활동수당을 활동내역, 증빙서류 등에 대한 확인·점검 절차를 거치지 않고 매년 2회 정기적으로 지급하고 있었다.

❹ 폐쇄적이고 배타적인 부적정 계약
농협중앙회는 ｢계약규정｣에 따라서 물품구매, 용역, 공사 등의 계약은 일반경쟁입찰을 원칙으로 하고 있지만, 퇴직자 단체가 출자한 특정 용역업체와 경비, 운전 등에 필요한 인력을 관행적으로 수의계약하고 있었고, 농협 자회사는 해당 업체에 건물 일부를 무상으로 제공하고 있었다.

또한, 특정 컨설팅업체와 일반자문 범주로 보이는 상시경영자문 계약을 제한경쟁입찰을 통해 반복* 체결하고 계약목적에 맞지 않는 과제를 일부 선정해 추진하고 있었다.
* 기간 2년, 금액 1,584백만원 동일 조건으로 2023.5월, 2025.5월 두차례 연달아 계약

❺ 체계적이지도 효율적이지도 못한 농협재단의 부적정한 운영
농협재단은 전문계약직 신규 채용에 필요한 절차를 구체적으로 정하지 않고 이사장 단독 지명으로 사무총장(전문계약직)을 채용하면서 경력증명서 등 각종 증빙서류를 제대로 징구하지 않았고, 농협장학관장은 규정에서 정한 직급(M·3·4급)이 아닌 전문계약직으로 채용했다.

또한, 회원조합을 통해 기부물품을 지원하면서 구체적인 지원대상을 정하지 않았고, 회원조합에서 농업인 등에게 기부물품을 지원한 내역 등을 점검하지 않아 기부물품이 농업인 등에게 기부목적에 맞게 전달되고 있는지 파악하지 못하고 있었으며, 기부물품을 농협 관련 회사들이 직접 제조·생산하지 않는 경우에도 농협 관련 자회사 등과 수의계약을 통해 간접 구입하는 등 납득하기 어려운 계약방식들이 다수 발견됐다.
* ’22.1월부터 ’25.9월말까지 총 87건(623억원)의 물품구매, 공사 등 계약 중 86건(622억원)을 수의계약, 이중 농협 관련 회사와의 수의계약은 55건(599억원)